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El modo 1v1 fue primeramente introducido en el nivel del Campeón en PTD 1. Luego, en PTD 2, se añadió toda una historia paralela usando únicamente este tipo de batallas. Como su nombre lo indica, en este modo uno coloca uno de los Pokemon en su equipo para que enfrente a un Pokpemon del oponente.

En PTD 2, esta historia paralela sigue a Joey en sus aventuras dentro de la PokéMatrix, el más reciente invento del profesor Oak, pensado para mejorar las habilidades como entrenador Pokémon.